معاونت آموزش پزشکی عمومی دانشکده پزشکی برنامه ریزی آموزش علوم پایه، مقدمات بالینی، کارآموزی و کارورزی دانشجویان پزشکی را بر عهده دارد. این معاونت با تدوین سیاست های راهبردی منطبق با اهداف دانشکده و نظارت بر حسن اجرای آنها تلاش می نماید. شورای آموزشی این معاونت با حضور نمایندگان گروهای آموزشی علوم پایه و بالینی، با بهره گیری از خرد جمعی نقش بسزایی در هماهنگی و ارتقای برنامه های آموزشی – پژوهشی ایفا می کند. تکریم جایگاه اساتید و دانشجویان و ایجاد انگیزه و امید در آنها با اعمال مشوق های مناسب و نیز پایش برنامه ها از دیگر وظایف معاونت برای خلق فضای رقابتی سالم است. این معاونت همچنین بر ترویج اخلاقیات و حفظ حرمت ها در تعاملات دانشجویان با اساتید و کارکنان اهتمام دارد. بنابراین اهم شرح وظایف این معاونت عبارت است از:
 نظارت بر اجرای مقررات و آئین نامه های آموزشی
 نظارت بر حسن اجرای مصوباتی که از طریق رئیس دانشکده ابلاغ می شود و ایجاد زمینه های مناسب برای رشد استعدادها 
 مطالعه و اتخاذ تصمیم در مورد مسائل آموزشی با کمک مسئولین ذیربط
 تدوین و پیشنهاد اصول اجرای آموزشی دانشکده
 ایجاد هماهنگی در امور آموزشی - اداری و فرهنگی دانشکده 
 ایجاد هماهنگی در برنامه ریزی های آموزشی
 نظارت بر حسن اجرای وظایف واحدهای وابسته
 برنامه ریزی امور آموزشی با همکاری واحدهای ذیربط
 پیگیری و نظارت مصوبات شورای آموزشی دانشکده
 نظارت بر عملکرد اساتید مشاور دانشکده
 نظارت بر حسن اجرای برنامه و فعالیت‌های آموزشی
 عضو شورای آموزشی دانشکده و دانشگاه
 همکاری با معاونت آموزش دانشگاه در جهت بررسی و امکان سنجی اجرای برنامه "یکپارچه سازی" (Integration)  آموزشی
 ارزیابی عمکلکرد آموزشی دانشجویان و اعضاء هیئت علمی و کارشناسان آموزشی
 ارزیابی عملکرد آموزشی دانشجویان، اساتید و کارشناسان آموزشی با همکاری مرکز EDO
 همکاری با معاونت های آموزشی بیمارستان های آموزشی دانشکده
 تهیه و پیشنهاد آئین نامه های مختلف آموزشی با همکاری مسئولین ذیربط و نظارت بر حسن اجرای آنها
 نظارت بر اجرای صحیح برنامه آموزشی و سیاست های ناظر بر آموزش پزشکی عمومی
 نظارت بر عملکرد کارشناسان اداره آموزش
 تعامل با گروههای آموزشی اعم از علوم پایه و بالینی در جهت پیشبرد سیاستهای وزارت متبوع و دبیرخانه شورای آموزش پزشکی عمومی
 بررسی و پیگیری امور آموزشی و اداری دانشجویان رشته پزشکی از بدو ورود تا فارغ التحصیلی
 برگزاری آزمون های جامع کشوری و درون دانشگاهی
 تامین فضای فیزیکی آموزشی مناسب و مطلوب مطابق با استانداردها
 تجهیز و راه اندازی مرکز مهارتهای بالینی جهت برگزاری آزمونهای عملی
 بازنگری برنامه آموزش پزشکی عمومی در مقاطع چهارگانه
 افزایش پتانسیل پزشکان عمومی فارغ التحصیل در برخورد با بیماران سرپایی و اورژانس
 توسعه امکانات آموزشی و رفاهی در مراکز آموزشی درمانی
 توجه ویژه به بحث اخلاق پزشکی و موازین حقوقی در درمان